Za primenu direktive o smanjenju sumpora u tečnim gorivima – mazutu i industrijskim gorivima, rok je istekao 2012. Kako ističu u Energetskoj zajednici, Srbija još nije ispravila nepravilnosti i Sekretarijat nastavlja proceduru povodom toga. Ovaj propis predviđa da sadržaj sumpora u tečnim gorivima naftnog porekla mora biti ispod 1%.
Direktiva o proceni uticaja na životnu sredinu sa rokom za primenu od 2006. godine uvodi obavezu izrade procene za energetska postrojenja iznad 300 megavata (MW). Za manja postrojenja predviđeno je da se te analize rade od slučaja od slučaja, dok je praksa u članicama EU da su analize obavezne za sva postrojenja iznad 50W.
Kako ističu u Ministarstvu poljoprivrede i životne sredine, Srbija je većim delom ispunila ovu direktivu i ona je već primenjivana u procedurama pribavljanja dozvola za energetske objekte. Zakon o proceni uticaja na životnu sredinu stupio je na snagu u decembru 2004, naredne godine usvojeni su podzakonski akti, dok je izmenama zakona iz 2009. skraćeno trajanje postupka.
Potpisnice Ugovora o Energetskoj zajednici takođe treba da primene i deo direktive o zaštiti divljih ptica pri izgradnji energetskih postrojenja, kao i da poštuju Protokol iz Kjota i Direktivu o sprečavanju i kontroli zagađenja (IPCC) koja predviđa dobijanje integrisane dozvole u oblasti zaštite životne sredine, umesto ranijih sektorskih dozvola za vazduh, vodu, zemljište i upravljanje otpadom.
Kada je reč o integrisanim dozvolama, njihovo izdavanje sporo ide. Od 198 postrojenja za koje postoji obaveza izdavanja integrisane dozvole, podneto je 169 zahteva, a izdate su dozvole za 16 postrojenja. U Ministarstvu poljoprivrede i životne sredine ističu da su dozvole, koje se izdaju na republičkom, pokrajinskom i lokalnom nivou, izdate za sva postrojenja za koja je zahtev bio kompletan. Glavni problem je definisanje planova mera prilagođavanja rada postrojenja sa odredbama zakona, jer to podrazumeva jasan plan u pogledu mera, rokova i finansija, a reč je o velikim ulaganjima.
Među postrojenjima koja podležu izdavanju dozvola najzastupljenije farme za uzgoj pilića i prasića, kojih je 60, a slede energetika, mineralna industrija i metalna industrija, dok je iz ostalih sektora manje obveznika.
